Sino alla costituzione del Regno d'Italia, a rappresentare nelle province il Governo ed eseguirne la volontà era posta l'Intendenza Generale guidata da un Governatore, mentre nelle circoscrizioni furono istituite le Intendenze ai cui vertici furono posti gli Intendenti del Re.
Con R.D. 9 ottobre 1861 n. 250 le Intendenze Generali presero il nome di Regie Prefetture e le Intendenze quello di Sottoprefetture.
Questo tipo di rappresentanza governativa, con poteri di coordinamento con il centro, fu in grado di garantire per anni celeri soluzioni alle problematiche di interesse generale.
La particolare natura territoriale rappresentata dall'Isola d'Elba, portata tendenzialmente a sentirsi posta ai margini della "sensibilità" da parte dei grandi poteri politici ed amministrativi, pose in tutta evidenza quanto fosse necessaria per quella realtà la presenza, nel capoluogo di Portoferraio, di una Sottoprefettura, alla quale furono conferiti i più ampi poteri in materia di tutela, controllo e coordinamento sulle pubbliche amministrazioni locali.
Tale Ufficio esercitò le proprie funzioni sino a quando, con D.L. 2 gennaio 1927, n. 1, le Sottoprefetture furono soppresse.
I disastri prodotti dall'ultimo conflitto mondiale posero poi nuovamente in evidenza la necessità, avvertita e segnalata all'epoca dai Sindaci dei Comuni dell'isola, dai rappresentanti dei partiti politici, delle organizzazioni sindacali dei lavoratori e delle associazioni imprenditoriali, della presenza di un Ufficio Governativo con giurisdizione sull'intera Isola d'Elba che, pur dipendendo dalla Prefettura di Livorno, fosse in grado di assicurare i collegamenti con i poteri centrali, strategici anche in vista della ricostruzione del territorio e delle attività locali. ed avesse, nel contempo, la necessaria autonomia per esercitare, con efficacia e speditezza, le funzioni di organo di tutela, di propulsione e di coordinamento sulle pubbliche amministrazioni e sulle altre amministrazioni statali che avevano trasferito i propri uffici sull'isola.
Dopo brevi e contraddittorie vicende, a partire dal 1° settembre 1951 la Sottoprefettura con sede in Portoferraio, con la denominazione di Ufficio Staccato per gli Affari dell'Elba, riprese a svolgere i suoi compiti istituzionali di coordinamento ed impulso degli interessi della Comunità Elbana, nonché per l'espletamento delle normali funzioni di istituto sugli atti dei Comuni.
Alle considerazioni di ordine amministrativo si aggiunsero quelle politiche secondo cui la presenza sul posto di un autorevole rappresentante del Prefetto avrebbe garantito non solo una immediata visione panoramica e completa delle problematiche, ma anche la possibilità di interventi diretti, mirati alla loro soluzione ed alla ricomposizione di divergenze e contrasti comuni alle piccole realtà locali.
Il progressivo evolversi delle funzioni prefettizie ha mutato anche i compiti del Viceprefetto, Dirigente dell'attuale Ufficio distaccato dell'Elba, che originariamente impegnato anche nel controllo sugli atti deliberativi, oggi svolge funzioni di amministrazione e rappresentanza generale, che caratterizzano e qualificano l'istituto prefettizio.
Ad oggi, solamente nella provincia di Livorno vi è traccia di una simile realtà amministrativa, erede delle storiche Sottoprefetture, a riprova della particolare, attuale e specifica funzione svolta ancora da questo Ufficio.