Il Prefetto assicura, insieme alle diverse componenti del Sistema Nazionale di Protezione Civile e in particolare in raccordo con il Dipartimento della Protezione Civile della Presidenza del Consiglio dei Ministri, il concorso dello Stato e delle relative strutture periferiche per l'attuazione degli interventi urgenti di protezione civile finalizzati alla tutela della integrità della vita, dei beni, degli insediamenti e dell'ambiente dai danni o dal pericolo di danni derivanti da calamità naturali o connessi all'attività dell'uomo che per loro natura ed estensione comportano l'intervento coordinato di più enti o amministrazioni.
Al verificarsi di un evento, più o meno grave, il Prefetto garantisce il tempestivo avvio dei primi soccorsi, adottando i provvedimenti urgenti ed assicurando l'impiego delle forze operative per la gestione dell'emergenza, con particolare riguardo ai Vigili del Fuoco e alle Forze dell'Ordine.
Quando la situazione è più complessa e richiede interventi coordinati delle diverse componenti del Sistema di Protezione Civile, a livello provinciale, viene attivato presso la Prefettura - U.T.G. il "Centro di Coordinamento dei Soccorsi" (CCS), quale struttura provvisoria per il tempo dell'emergenza, per la gestione dell'evento e viene, altresì, attivata la sala operativa dove affluiscono tutti i dati e le informazioni relative all'evento calamitoso.
La Prefettura - U.T.G. esercita anche funzioni in materia di difesa civile. Quest'ultima consiste nell'insieme delle attività civili svolte dalle pubbliche Amministrazioni e dagli Enti, istituzioni e organizzazioni anche private, al fine di salvaguardare la sicurezza dello Stato e l'incolumità dei cittadini, di tutelare i beni e assicurare le capacità di sopravvivenza economica, produttiva e logistica della Nazione, in occasione di una grave crisi interna o internazionale.
Per la gestione delle situazioni emergenziali, il Prefetto elabora il Piano Provinciale di Difesa Civile e si avvale dell'attività della sala operativa del Centro Coordinamento Soccorsi, costituito presso la Prefettura – U.T.G.
Il Prefetto svolge anche un'altra importante funzione in materia di sicurezza civile: il disinnesco degli ordigni bellici rinvenuti sul territorio provinciale. In tale ambito, con il concorso tecnico-operativo del Ministero della Difesa, attiva gli interventi specialistici ed adotta ogni provvedimento idoneo ad assicurare la salvaguardia e l'assistenza della popolazione.
Tra i compiti operativi della Prefettura - U.T.G. figura, inoltre, la Ricerca delle persone scomparse in ambito territoriale.