Il Prefetto concorre, insieme alle diverse componenti del Servizio nazionale di protezione civile e in raccordo con il Dipartimento della protezione civile della Presidenza del Consiglio dei Ministri, ad assicurare la tutela della integrità della vita, dei beni, degli insediamenti e dell'ambiente dai danni o dal pericolo di danni derivanti da calamità naturali, da catastrofi e da altri eventi calamitosi.
Al verificarsi di un tale evento (lettere b e c dell'art. 2 Legge n. 225/1992) il Prefetto assume la direzione unitaria dei servizi di emergenza da attivare a livello provinciale e garantisce il tempestivo avvio dei primi soccorsi, adottando i provvedimenti urgenti ed assicurando l'impiego delle forze operative per la gestione dell'emergenza, con particolare riguardo ai vigili del fuoco e alle forze dell'ordine. Quando la situazione è più complessa e richiede interventi coordinati delle diverse componenti del sistema di protezione civile, a livello provinciale viene attivato, presso la Prefettura-U.T.G., un "Centro di coordinamento dei soccorsi" (CCS), quale struttura provvisoria per il tempo dell'emergenza, con funzioni di raccordo ed armonizzazione delle misure che fanno capo ad amministrazioni ed enti diversi.
In relazione alle esigenze concrete, sempre con finalità gestionali, il Prefetto può anche attivare uno o più "Centri operativi misti" (COM), di livello comunale o intercomunale. Per la gestione dell'evento, in Prefettura si attiva anche una sala operativa dove affluiscono tutti i dati e le informazioni relative all'evento calamitoso.
Secondo il principio della leale collaborazione e considerato che gli interventi di protezione civile richiedono l'apporto di diverse componenti, di livello statale, regionale, provinciale, comunale ed anche dei privati, il Prefetto svolge un fondamentale "ruolo di cerniera", con funzioni di impulso e di garanzia della presenza dello Stato sul territorio.
Il Prefetto svolge anche un'altra importante funzione in materia di sicurezza civile: il disinnesco degli ordigni bellici rinvenuti sul territorio provinciale. In tale ambito, con il concorso tecnico-operativo del Ministero della Difesa, attiva gli interventi specialistici ed adotta ogni provvedimento idoneo ad assicurare la salvaguardia e l'assistenza della popolazione.
Tra i compiti operativi della Prefettura U.T.G. figura, inoltre, il trasporto aereo di Stato per ragioni sanitarie di urgenza di cittadini italiani ammalati gravi o da sottoporre a trapianto.
Il Prefetto si occupa anche di voli aerei di stato per ragioni umanitarie in favore di cittadini italiani che versino in situazioni di grave pericolo connesse ad epidemie o ad altre gravi calamità. Infine, predispone i piani di emergenza esterna per le industrie a rischio di incidente rilevante e quelli per la messa in sicurezza di siti nucleari.