La Prefettura – Ufficio Territoriale del Governo che ha sede nel capoluogo di Regione svolge tutte le attività connesse alle funzioni di rappresentanza dello Stato per i rapporti con il sistema delle autonomie.
Le Prefetture – Uffici Territoriali del Governo svolgono sul territorio un’azione propulsiva, di indirizzo, di mediazione sociale e di intervento, di consulenza e di collaborazione - anche rispetto agli enti locali - in tutti i campi del "fare amministrazione", in esecuzione di norme o secondo prassi consolidate, promuovendo il processo di semplificazione delle stesse procedure amministrative.
Assumono la desinenza di Uffici Territoriali del Governo con il piano di riforma previsto dal decreto legislativo 30 luglio 1999, n.300, mantenendo tutte le funzioni di competenza e assumendone delle nuove.
La Prefettura – Ufficio Territoriale del Governo, per il tramite della Conferenza permanente, assume il ruolo di una vera e propria sede di mediazione sociale, di stanza di compensazione dei conflitti a livello locale, destinata a coinvolgere il maggior numero possibile di soggetti che operano sul territorio.
Favorisce la cooperazione tra l’attività dello Stato e quella delle Regioni e le province autonome, costituendo la "sede privilegiata" della negoziazione politica tra le Amministrazioni centrali e il sistema delle autonomie regionali.