Il Prefetto concorre, insieme alle diverse componenti del Servizio nazionale di protezione civile, in raccordo con il Dipartimento della protezione civile della Presidenza del Consiglio dei Ministri e in coordinamento con il Presidente della Giunta Regionale della Regione Marche, ad assicurare la tutela della integrità della vita, dei beni, degli insediamenti e dell'ambiente dai danni o dal pericolo di danni derivanti da calamità naturali o anche dall'attività dell'uomo. Le calamità naturali sono, a titolo di esempio, gli eventi sismici, idro-geologici (allagamenti, frane, smottamenti), gli incendi boschivi e di interfaccia, mentre fra le calamità dovute all'attività umana rientrano gli incidenti nelle industrie a rischio per la tipologia di produzione (industrie chimiche, raffinerie, ecc.).
Al verificarsi di un evento calamitoso, più o meno grave, il Prefetto garantisce il tempestivo avvio dei primi soccorsi, adottando i provvedimenti urgenti ed assicurando l'impiego delle forze operative per la gestione dell'emergenza. Quando la situazione è più complessa e richiede interventi coordinati delle diverse componenti del sistema di protezione civile, a livello provinciale viene attivato, presso la Prefettura-U.T.G., un " Centro di coordinamento dei soccorsi" (CCS) quale struttura provvisoria per il tempo dell'emergenza con funzioni di raccordo ed armonizzazione delle misure che fanno capo ad amministrazioni ed enti diversi. Il CCS è ubicato nella Sala operativa della Prefettura o, in alternativa, nella Sala Operativa Integrata (S.O.I.) della Provincia, dove affluiscono tutti i dati e le informazioni relative all'evento calamitoso. I cittadini possono contribuire all'efficienza del CCS segnalando le notizie di cui sono a conoscenza.
In relazione alle esigenze concrete, sempre con finalità gestionali, il Prefetto può anche attivare uno o più " Centri operativi misti" (COM o C.O.I.) , di livello intercomunale, che coordinano gli interventi di soccorso in ambito locale, coadiuvando l'attività del Centro di Coordinamento predetto.
Secondo il principio della leale collaborazione e considerato che gli interventi di protezione civile richiedono l'apporto di diverse componenti, di livello statale, regionale, provinciale, comunale ed anche dei privati, il Prefetto svolge un fondamentale " ruolo di cerniera ", con funzioni di impulso e di garanzia della presenza dello Stato sul territorio.
La Prefettura U.T.G. esercita anche funzioni in materia di difesa civile . Quest'ultima, con la difesa militare, è parte integrante della difesa nazionale e consiste nell'insieme delle attività civili svolte dalle pubbliche Amministrazioni e dagli Enti, istituzioni e organizzazioni anche private, al fine di salvaguardare la sicurezza dello Stato e l'incolumità dei cittadini, di tutelare i beni e assicurare le capacità di sopravvivenza economica, produttiva e logistica della Nazione, in occasione di una grave crisi interna o internazionale, anche causata da attacchi terroristici.
Per la gestione delle situazioni emergenziali, il Prefetto approva i piani provinciali di protezione e di difesa civile. Approva inoltre i piani di emergenza esterna per le industrie a rischio di incidente rilevante nonché i Piani operativi in caso di ritrovamento di sorgenti radioattive e in caso di trasporto nel territorio provinciale di carichi di materiali radioattivi.
Tra i compiti operativi della Prefettura U.T.G. figura anche il trasporto aereo urgente degli ammalati gravi o delle persone da sottoporre a trapianto nonché degli organi da trapiantare nel caso in cui non sia disponibile una modalità di trasporto alternativa parimenti veloce. Il Prefetto sovrintende anche sull'attività di ricerca delle persone scomparse, sulla scorta dell'apposito Piano approvato, attivando le strutture della protezione civile per le ricerche. Sovrintende anche sull'attività del Comitato Operativo per la Viabilità, che viene attivato in caso di criticità della circolazione degli autoveicoli sulla rete viaria e autostradale provinciale in caso di particolari calamità meteorologiche o causate dall'uomo.
Il Prefetto svolge, infine, un'altra importante funzione in materia di sicurezza civile: coordina gli interventi per il disinnesco degli ordigni bellici rinvenuti sul territorio provinciale. In tale ambito, con il concorso tecnico-operativo del Ministero della Difesa, attiva gli interventi specialistici ed adotta ogni provvedimento idoneo ad assicurare la salvaguardia e l'assistenza della popolazione.