Ai sensi del Codice di Protezione Civile, art. 9, il Prefetto, che in sede provinciale rappresenta il Governo, al sopraggiungere di eventi naturali o connessi con l'attività dell'uomo che per loro natura ed estensione comportano l'intervento coordinato di più enti o amministrazioni, assicura, tramite l’Area Protezione Civile, Difesa Civile e del Soccorso Pubblico il concorso dello Stato e delle relative strutture periferiche per l’attuazione degli interventi urgenti di tutela e soccorso alla popolazione.
L’Area Protezione Civile, Difesa Civile e del Soccorso Pubblico ricopre anche funzioni in materia di difesa civile.
Quest'ultima è parte integrante della difesa nazionale e consiste nell'insieme delle attività civili svolte dalle pubbliche Amministrazioni e dagli Enti e Istituzioni, al fine di salvaguardare l'incolumità dei cittadini e la sicurezza dello Stato, di tutelare i beni e assicurare le capacità di sopravvivenza economica, produttiva e logistica della Nazione, in occasione di una grave crisi interna o internazionale, anche causata da attacchi terroristici.
Il Prefetto svolge anche un'altra importante funzione in materia di sicurezza civile: il disinnesco degli ordigni bellici rinvenuti sul territorio provinciale. In tale ambito, con il concorso tecnico-operativo del Ministero della Difesa, attiva gli interventi specialistici ed adotta ogni provvedimento idoneo ad assicurare la salvaguardia e l'assistenza della popolazione.
Tra i compiti operativi della Prefettura figura inoltre il trasporto aereo urgente degli ammalati gravi o delle persone da sottoporre a trapianto.
Il Prefetto, infine, predispone i piani di emergenza esterna per le industrie a rischio di incidente rilevante, per gli impianti di stoccaggio e trattamento dei rifiuti, e quelli per la messa in sicurezza di siti nucleari.