Il rappresentante del Governo in provincia di Bolzano è il Commissario del Governo, un Prefetto di carriera, nominato dal Consiglio dei Ministri.
Le competenze previste dallo Statuto (art.87/88 del D.P.R. 31.8.1972 n. 670) e dalle relative norme di attuazione in capo al Commissario del Governo comprendono la quasi totalità delle funzioni prefettizie nonché specifiche competenze commissariali (quali ad es. la gestione del personale dello Stato in ambito provinciale, la gestione del bilinguismo, le contrattazioni collettive, etc.).
Statutariamente al Commissario del Governo spetta:
1. coordinare, in conformità alle direttive del Governo, lo svolgimento delle attribuzioni dello Stato nella provincia e vigilare sull'andamento dei rispettivi uffici, salvo quelli riflettenti l'amministrazione della giustizia, la difesa e le ferrovie;
2. vigilare sull'esercizio da parte delle Province e degli altri enti pubblici locali, delle funzioni ad essi delegate dallo Stato e comunicare eventuali rilievi al Presidente della Giunta provinciale;
3. compiere gli atti già demandati al Prefetto, in quanto non siano affidati dallo Statuto di Autonomia o da altre leggi ad organi della Regione e delle Province o ad altri organi dello Stato.
Il Commissario del Governo provvede al mantenimento dell'ordine pubblico, del quale risponde verso il Ministro per l'interno. A tal fine egli coordina e si avvale delle forze dell'ordine, può richiedere l'impiego delle forze armate ai termini delle vigenti leggi e adottare i provvedimenti previsti nell'art. 2 del T.U. delle leggi di pubblica sicurezza. Inoltre il Commissario del Governo vigila sull'esercizio da parte dei Comuni delle funzioni ad essi delegate dallo Stato (anagrafe, servizi elettorali). Egli può infine nominare appositi commissari per la gestione temporanea delle amministrazioni comunali, i cui organi elettivi siano stati sciolti per motivi di pubblica sicurezza e, per comuni con oltre 20.000 abitanti, anche per altri motivi.
Il Commissario del Governo ha dunque competenze nelle seguenti materie: ordine e sicurezza pubblica, elettorale (politiche, europee e referendum a livello nazionale), attività relative alla mediazione nelle vertenze di lavoro ed alla garanzia dei servizi pubblici essenziali, chiusura di strade, esami di bilinguismo, onorificenze, cittadinanza, affari di culto, violazioni di carattere amministrativo, sospensioni della patente, lotta alla droga, leggi antimafia, profughi (Consiglio territoriale per l'Immigrazione), Polizia di Stato (trattamento economico del personale e caserme), autorizzazioni per la realizzazione di opere pubbliche, compiti di vigilanza sulle anagrafi comunali, immigrazione, protezione civile (limitatamente agli interventi di organismi statali).
Il Commissario del Governo è il rappresentante dello Stato per i rapporti con le autonomie e per tale funzione riferisce direttamente alla Presidenza del Consiglio Ministri, mentre per le funzioni prefettizie riferisce al Ministro dell'Interno.
Relativamente all'ordine pubblico e alla pubblica sicurezza il Commissario del Governo ne è il responsabile politico-amministrativo.
Il Commissario del Governo presiede il Comitato provinciale per l'ordine pubblico ed è responsabile del coordinamento fra le forze di polizia.
In relazione alle specifiche competenze commissariali, in provincia di Bolzano sono istituiti ruoli locali del personale civile delle Amministrazioni statali aventi uffici nella provincia.
I ruoli locali vengono amministrati da un apposito ufficio del Commissariato del Governo denominato "Ufficio Unico del Personale delle Amministrazioni statali". I concorsi per la copertura dei posti in questione vengono banditi dal Commissario del Governo previa intesa con la Provincia. La Provincia in questo caso è rappresentata da tre membri del Consiglio provinciale eletti dal Consiglio stesso. La copertura dei relativi posti è riservata, ai sensi dell'art. 89 dello Statuto di autonomia, a cittadini appartenenti ai tre gruppi linguistici, in rapporto alla consistenza dei gruppi stessi, quale risulta dalle dichiarazioni di appartenenza rese nel censimento ufficiale della popolazione.
Al personale di detti ruoli locali è garantita in linea di massima la stabilità di sede in provincia di Bolzano. Per l'accesso ai posti in questione è richiesto l'attestato di bilinguismo.
In sostanza in provincia di Bolzano, tutto il personale dell'Amministrazione statale è gestito dal Commissario del Governo con la sola eccezione della carriera prefettizia dell'Amministrazione civile dell'Interno, degli appartenenti alle forze dell'ordine e del personale del Ministero della Difesa.