Nei rapporti tra lo Stato e le autonomie locali, il Commissario del Governo riveste il ruolo di garante della continuità gestionale delle Amministrazioni locali ogni qualvolta vengano meno gli amministratori eletti dai cittadini dei Comuni con popolazione superiore a 15.000 abitanti, attraverso la nomina di commissari, ed effettua la vigilanza delle funzioni statali (anagrafe, stato civile, servizi elettorali) assolte dalle Amministrazioni locali.
Assicura il corretto svolgimento del procedimento elettorale per gli aspetti di competenza e cura le procedure di scioglimento e sospensione dei consigli comunali, o di rimozione o sospensione degli amministratori per infiltrazioni con la criminalità organizzata. Nei confronti delle Amministrazioni locali svolge inoltre funzioni di raccordo e di collaborazione.
Il Commissariato del Governo per la provincia di Trento svolge altresì tutte le attività connesse alle funzioni di rappresentanza dello Stato per i rapporti con il sistema delle autonomie.
In particolare, il Commissario del Governo ha il compito di assicurare il rispetto del principio di leale collaborazione tra Stato, Regione e Provincia Autonoma nonché il raccordo tra le istituzioni dello Stato presenti sul territorio, al fine di garantire la rispondenza dell'azione amministrativa statale all'interesse generale, il miglioramento della qualità dei servizi statali resi al cittadino e di favorire e rendere più agevole l'attività delle autonomie.